Wydział Matematyki i Informatyki został utworzony decyzją Senatu UWM z dnia 10 lipca 2001 r. Skupia on matematyków, informatyków i fizyków zatrudnionych po utworzeniu UWM na Wydziale Geodezji i Gospodarki Przestrzennej.

Wydział jest kontynuatorem działań Instytutu Matematyki i Fizyki Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Olsztynie oraz Katedry Zastosowań Matematyki Akademii Rolniczo-Technicznej.

Kształcenie matematyczne i badania w dziedzinie matematyki rozpoczęły się na Warmii i Mazurach wraz z utworzeniem w roku 1969 Wyższej Szkoły Nauczycielskiej, a badania związane z zastosowaniami matematyki wraz z powołaniem w 1950 roku Zakładu Matematyki w Zespołowej Katedrze Fizyki, a od 1951 roku - Katedry Statystyki Matematycznej.